Au degré tertiaire, ce sont les cantons avec la Confédération qui fixent les modalités. Selon la constitution fédérale, c'est la Confédération qui est compétente pour la formation professionnelle supérieure et les hautes écoles spécialisées (HES). Les deux écoles polytechniques fédérales (EPF) relèvent également de la responsabilité de la Confédération. Les cantons prennent en charge les universités cantonales et hautes écoles pédagogiques (HEP) implantées sur leur territoire. Ces dernières sont également soumises aux bases légales intercantonales.
Les hautes écoles d'arts et les hautes écoles de musique ainsi que les hautes écoles pédagogiques sont parfois intégrées dans des hautes écoles spécialisées, parfois indépendantes.
Durant l'année 2003/04 196'482 personnes poursuivaient en Suisse leurs études dans le cadre d'une formation tertiaire.

Formation professionnelle supérieure
La formation professionnelle supérieure du degré tertiaire sert à transmettre et acquérir les qualifications requises pour la pratique des activités professionnelles exigeantes et à responsabilités plus importantes. La condition d'admission est un CFC, le diplôme d'une école de culture générale ou un certificat équivalent. Actuellement plus de 350 examens professionnels ou professionnels supérieurs reconnus au plan fédéral sont proposés. L'examen professionnel est sanctionné par un certificat de capacité fédéral, l'examen professionnel supérieur avec un diplôme. En 2004, 11'368 certificats professionnels et 3195 diplômes ont été distribués.
Les écoles supérieures spécialisées (ESS) proposent des filières de formation reconnues au plan fédéral et des études post-grades dans les domaines technique, hôtellerie, tourisme et économie familiale, économie, agriculture et sylviculture, santé, social et formation des adultes, arts appliqués. En 2004, 4067 diplômes ont été distribués. En raison de l'incorporation des domaines santé, social et arts appliqués à la loi sur la formation professionnelle depuis 2004, le nombre des diplômes distribués doublera probablement.

Hautes écoles
Les universités cantonales proposent des études en théologie, lettres et sciences humaines, mathématiques et sciences naturelles, droit, économie, médecine et pharmacie; les écoles polytechniques fédérales en sciences naturelles et ingénierie, architecture, mathématiques, pharmacie et sports et sciences militaires. Pour 2004, plus de 9800 étudiants termineront leurs études avec un diplôme ou une licence d'une haute école.
Les hautes écoles spécialisées (HES) offrent des études orientées vers la pratique dans les domaines technique et technologie de l'information, architecture, construction et planification, chimie et sciences de la vie, agriculture et sylviculture, économie et services, design, santé, travail social, arts, musique, théâtre, psychologie appliquée et linguistique appliquée. Les hautes écoles pédagogiques (HEP) sont responsables de la formation des enseignants. 7265 diplômes d'une haute école spécialisée ont été acquis en 2004.
En tout, 160'000 étudiants ont fréquenté une haute école suisse en 2004, dont plus de deux tiers une haute école universitaire et près d'un tiers une école supérieure spécialisée (ESS).