Les compétences du système éducatif sont réparties entre la Confédération, les cantons et les communes ; le système est caractérisé par une séparation souple des responsabilités et la collaboration entre la Confédération, les cantons et les communes. Les compétences législatives, financières et exécutives diffèrent en fonction du degré de formation et du type d'institution. Ce sont les cantons qui assument la responsabilité première pour l'instruction publique.
La constitution fédérale inclut comme objectif "la formation initiale des enfants et adolescents, ainsi que la formation initiale et continue pour les personnes capables de travailler" et  "l'éducation des enfants et adolescents en vue de leur développement de personnes indépendantes et assumant leur responsabilité sociale ainsi que leur intégration sociale, culturelle et politique" (CF art. 41, alinéa 1 lettres f et g).

 

 

L'exécution des lois scolaires cantonales est généralement assurée par les départements de l'éducation des cantons (ou département de l'instruction publique). Ces départements établissent les plans d'étude, les moyens d'enseignement officiels et le nombre d'élèves par classe et degré. Les communes sont responsables des écoles enfantines, primaires et du degré secondaire I. Elles sont appuyées par les commissions scolaires. Ensembles, elles constituent les autorités scolaires locales et assument la responsabilité des locaux, de l'achat des moyens d'enseignement, elles nomment en partie les enseignants et assurent la surveillance. Les commissions scolaires peuvent comporter en leur sein des représentants des parents.

 

Collaboration des cantons et le concordat scolaire
La collaboration intercantonale et la coordination scolaire incombe à la Conférence suisse des directeurs cantonaux de l'instruction publique (CDIP). La CDIP réunit tous les membres des gouvernements cantonaux responsables de l'éducation, la formation, la culture et le sport. La CDIP encourage et oblige les cantons à coopérer et à harmoniser (par exemple pour des réformes, la collaboration dans la planification, la recherche et les statistiques scolaires). Les instruments essentiels de la CDIP sont les accords intercantonaux et les recommandations basées sur le concordat.
Les accords intercantonaux sont des conventions entre les cantons (concernant les diplômes et les conditions de mise en oeuvre, par exemple les règlements à propos de l'équivalence de formation des enseignants ; les accords de financement et de libre passage comme l'accord intercantonal sur le financement des hautes écoles spécialisée). Par ailleurs, la CDIP établit les plans d'études cadre pour certaines formations.
Le concordat scolaire de 1970 constitue la base légale de la CDIP. Il oblige les cantons à collaborer en principe dans le domaine de l'éducation. Le concordat scolaire règle le début et la durée de l'année scolaire, l'âge de la scolarisation et la durée de la scolarité obligatoire. Une extension du concordat scolaire de 1970 est prévue. Le nouvel accord intercantonal pour l'harmonisation de l'école obligatoire de la CDIP redéfinira des jalons importants de l'école obligatoire (l'âge de la scolarité, début de la scolarité plus précoce et assouplissement de la première étape de la vie scolaire, durée de la scolarité obligatoire), et établira des standards.

Compétences de la Confédération
La Confédération réglemente la formation professionnelle du degré II et du degré tertiaire, elle est responsable des écoles polytechniques fédérales (y compris la promotion de la recherche). Elle est aussi responsable des hautes écoles spécialisées. La Confédération et la  Conférence suisse des directeurs cantonaux de l'instruction publique règlent en commun la reconnaissance des maturités. Au niveau fédéral, c'est le Département fédéral de l'intérieur (DFI) - en particulier le Secrétariat d'état de l'éducation et la recherche - qui est responsable des écoles polytechniques fédérales, de la promotion universitaire, des bourses, de la science et la recherche et de la réorganisation du paysage des hautes écoles suisses en collaboration avec les cantons et les universités. Le Département fédéral de l'économie (DFE) et l'Office fédéral de formation professionnelle et la technologie (OFFT) règlent la formation professionnelle, le Département fédéral de la défense, de la protection civile et des sports  (DDPS) et l'Office fédéral du sport sont responsables des sports.