Le competenze nel sistema educativo sono ripartite tra la Confederazione, i Cantoni e i Comuni; i tre livelli collaborano tra di essi. Le competenze relative alla legislazione, all'esecuzione, al controllo e al finanziamento variano a seconda del livello di istruzione e del tipo di scuola.
La responsabilità principale dell'istruzione è dei Cantoni: la competenza per il sistema educativo appartiene ai Cantoni, salvo nei casi in cui la Costituzione federale attribuisce la competenza alla Confederazione. Ogni Cantone dispone di norme giuridiche proprie che disciplinano il settore dell'istruzione. Nella sostanza le ventisei leggi cantonali sulla scuola o sull'istruzione si basano sugli stessi principi e perseguono finalità simili. Se in base alla Costituzione federale la competenza di carattere normativo è della Confederazione, questa emana le norme giuridiche e affida l'esecuzione ai Cantoni. Con la revisione delle disposizioni in materia di formazione nella Costituzione federale, alla collaborazione tra Cantoni e tra la Confederazione e i Cantoni riceve attribuito un fondamento costituzionale.
I Cantoni possono riservare ai Comuni vari compiti. Questi ultimi assumono diverse competenze, in maniera particolare ai livelli prescolastico e primario, come anche al livello secondario I.

Competenze ai vari livelli di istruzione

Livello prescolastico e scuola dell'obbligo
In base alla Costituzione federale, i Cantoni sono responsabili della formazione scolastica: "Provvedono a una sufficiente istruzione scolastica di base, accessibile a tutti i giovani. L'istruzione di base è obbligatoria e sottostà alla direzione o alla vigilanza dello Stato. Nelle scuole pubbliche essa è gratuita" (Cost. art. 62). I Cantoni e i rispettivi Comuni sono competenti in modo integrale per la regolamentazione e l'esecuzione nell'ambito del livello prescolastico e della scuola dell'obbligo. Diverse competenze sono dei Comuni. Di norma i Comuni sono i responsabili delle scuole (per le scuole di livello secondario I in determinati cantoni può essere anche competente il Cantone).

Livello secondario II
A livello secondario II, i Cantoni e la Confederazione si dividono la responsabilità di parti del sistema dell'istruzione pubblica.
L'intera formazione professionale (formazione professionale di base, formazione professionale superiore e formazione professionale continua) è disciplinata dal diritto federale ed è di competenza della Confederazione. La Confederazione, i Cantoni e le organizzazioni del mondo del lavoro (Oml) collaborano come partner. I Cantoni sono competenti per l'esecuzione della formazione professionale di base e responsabili delle scuole. Le organizzazioni del mondo del lavoro (Oml) assumono compiti importanti nel settore della formazione professionale di base.
I Cantoni e la Confederazione disciplinano insieme il riconoscimento della maturità liceale. I Cantoni gestiscono le scuole di maturità. Per il riconoscimento delle scuole specializzate (SS) e dei relativi diplomi, valgono le normative intercantonali. I Cantoni gestiscono le scuole specializzate.

Settore terziario
Nel settore universitario e nel restante settore terziario, i Cantoni e la Confederazione detengono in parte una facoltà normativa, in parte agiscono come poteri politici e coordinano le rispettive offerte.
I Cantoni sono responsabili delle alte scuole pedagogiche (ASP), per le quali è in vigore anche una base giuridica intercantonale. I Cantoni possono presentarsi come gestori sia singolarmente sia quali gruppi di Cantoni.
I singoli Cantoni sono competenti per le università cantonali ubicate sul proprio territorio.
La regolamentazione delle scuole universitarie professionali (SUP) è di competenza della Confederazione. Gli organi responsabili per le scuole universitarie professionali sono i Cantoni o i gruppi di Cantoni (raramente gestori privati).
L'intera formazione professionale (formazione professionale di base, formazione professionale superiore e formazione professionale continua) è di competenza della Confederazione. I Cantoni organizzano l'esecuzione della formazione professionale superiore e gestiscono numerosi istituti di formazione. Le organizzazioni del mondo del lavoro (Oml) disciplinano con l'autorizzazione della Confederazione diversi aspetti dell'esame federale di professione e dell'esame professionale superiore; inoltre possono gestire scuole specializzate superiori (SSS).
La Confederazione gestisce il settore dei politecnici federali, è responsabile di due politecnici federali (PF) e di quattro istituti federali di ricerca, e ha la competenza sul loro controllo e sulla loro regolamentazione.


Amministrazione e controllo

Cantoni e relativi Comuni
La direzione e la gestione dell'educazione competono ai governi cantonali, che esercitano il ruolo di supervisore sulla scuola e l'educazione, e adottano le decisioni di principio. Il ruolo di direttore dell'educazione o dell'istruzione è ricoperto dal membro del governo cantonale responsabile dell'educazione, alla testa del  Dipartimento dell'educazione o dell'istruzione. I dipartimenti dell'educazione o dell'istruzione assumo compiti nel settore dell'istruzione e spesso sono suddivisi in sezioni in base ai livelli scolastici e di istruzione (ad es. l'Ufficio delle scuole comunali [Volksschulamt], la Divisione della formazione professionale [Mittelschul- und Berufsbildungsamt], l'Ufficio per l'istruzione superiore [Amt für Hochschulen]). Alcuni Cantoni hanno anche un Consiglio dell'educazione che, come organo consultivo o deliberativo, si occupa esclusivamente delle questioni riguardanti la scuola e l'istruzione.
Le leggi cantonali concernenti il settore dell'educazione sono di competenza dei parlamenti cantonali.

Gli ispettorati scolastici cantonali si occupano ai livelli prescolastico, primario e secondario I del controllo sulle competenze specifiche e pedagogiche e forniscono consulenze per gli insegnanti e le loro lezioni. Di norma a livello locale un'apposita commissione, l'autorità scolastica locale, si occupa delle questioni scolastiche dei livelli prescolastico, primario e secondario I. Le sue competenze variano a seconda del Cantone e del Comune e riguardano soprattutto i settori amministrativi e organizzativi della scuola di carattere non pedagogico ( la formazione delle classi, la fornitura e il mantenimento dei locali, le questioni di bilancio, i provvedimenti disciplinari nei confronti degli allievi e degli insegnanti ecc.). Diversi Cantoni hanno riformato il controllo scolastico, sostituendo gli ispettorati scolastici con una gestione totale della qualità oppure trasformandoli in un servizio per l'ispezione scolastica con un ufficio di valutazione esterno.

Il controllo sulle scuole del livello secondario II e sulle scuole di formazione professionale superiore è svolto da commissioni cantonali e in parte anche dagli ispettori scolastici.
Le università cantonali e le scuole universitarie professionali (SUP), così come le alte scuole pedagogiche (ASP), sono sottoposte al controllo cantonale.

Confederazione
I settori dell'istruzione di competenza della Confederazione sono trattati in tre diversi dipartimenti federali e nei rispettivi uffici federali e autorità:

 

Collaborazione tra Cantoni e tra Confederazione e Cantoni
Il coordinamento e la collaborazione sono di fondamentale importanza per la coerenza dell'intero sistema educativo. Attraverso la Conferenza dei direttori cantonali della pubblica educazione (CDPE), i Cantoni coordinano il loro operato a livello nazionale. La CDPE riunisce i ventisei membri dei governi cantonali responsabili per l'educazione, la cultura e lo sport.
La collaborazione all'interno della CDPE è disciplinata da accordi intercantonali (concordati). Gli accordi intercantonali sono trattati tra i Cantoni. I singoli Cantoni decidono se aderire a un concordato. Per i Cantoni che aderiscono, i concordati sono giuridicamente vincolanti:

 

Gli altri strumenti di collaborazione sono le raccomandazioni e le dichiarazioni della CDPE, nonché la gestione di agenzie specializzate.

I Cantoni sono obbligati al coordinamento anche dalla Costituzione federale. Se i Cantoni non riescono a raggiungere un accordo in determinati settori (età d'ingresso alla scuola, durata della scuola dell'obbligo, durata e obiettivi dei livelli di formazione, passaggio da un livello all'altro, riconoscimento dei diplomi), la Confederazione emana le norme necessarie (Cost. art. 62). Nel settore delle scuole universitarie, in base alla Costituzione federale (Cost. art. 63a), la Confederazione e i Cantoni provvedono congiuntamente al coordinamento e a garantire che sia assicurata la qualità nel settore delle scuole universitarie. Se gli sforzi di coordinamento falliscono in determinati settori (livelli degli studi, passaggio da un livello all'altro, perfezionamento e riconoscimento di istituti e diplomi), la Confederazione emana le prescrizioni del caso. La Conferenza universitaria svizzera (CUS) è l'organo comune della Confederazione e dei Cantoni sedi universitarie e svolge un ruolo di coordinamento per le scuole universitarie (SU). Il Consiglio delle scuole universitarie professionali (CSUP) è l'organo politico-strategico per la collaborazione intercantonale in tutte le questioni concernenti le scuole universitarie professionali (SUP) e, allo stesso tempo, è l'organo direttivo delle alte scuole pedagogiche (ASP). Per il futuro è prevista una conferenza comune di tutte le scuole universitarie.

Nel 2004 i Cantoni e la Confederazione hanno introdotto il monitoraggio della formazione per la raccolta e l'elaborazione delle informazioni sul sistema educativo svizzero. Il controllo serve come base per la programmazione della formazione e le decisioni nell'ambito della politica educativa, nonché per la valutazione e la discussione pubblica. Lo strumento principale del monitoraggio della formazione è il rapporto sull'educazione che è pubblicato periodicamente. Nel 2006 è stato redatto il primo rapporto pilota dal Centro svizzero di coordinamento della ricerca educativa (CSRE). Nel 2010 sarà disponibile un nuovo rapporto sull'educazione.